大礼议不仅深刻影响了嘉靖一朝的政治格局，它还在一定程度上改变了大明的宗庙格局，因为作为大礼议的副产品，在顶着太宗的庙号入土为安一百多年以后，到嘉靖十七年，朱棣的庙号被朱厚熜由太宗改为了成祖。
通过大礼议，朱厚熜不仅为生父朱祐杬上尊号皇考恭穆献皇帝，还将原来的兴献王墓也重新按照皇陵的规格进行了修建，就是位于今天湖北钟祥市的明显陵。到了嘉靖十七年，朱厚熜又给生父朱祐杬上了庙号睿宗，既然有了庙号，显然就是要袝享太庙啊，只不过，此时的朱厚熜面临着一个非常现实的问题，那就是太庙里的神主牌位已经满额了，他必须搬走一个牌位，才能把自己父亲的牌位奉入太庙。
明朝太庙制度在周礼的基础进行了改良，将周礼规定天子七庙改为了九庙，这样一来，明朝太庙的享殿最多就可以供奉九位祖先皇帝了。明太祖朱元璋在建立大明以后，追封高祖父朱百六为德祖，并将他确定为大明始祖，享有永远不离开太庙的特权，然后追封曾祖父朱四九为懿祖，祖父朱初一为熙祖、父亲朱世珍为仁祖。
就这样，大明太庙到明宪宗朱见深在位时就满员了，分别是德祖朱百六、懿祖朱四九、熙祖朱初一、仁祖朱世珍、太祖朱元璋，太宗朱棣、仁宗朱高炽、宣宗朱瞻基和英宗朱祁镇九人。至于建文帝朱允炆和景泰帝朱祁钰，都因为各自的历史原因没有进入太庙供奉的资格。
太庙满员以后，如果再有皇帝驾崩入庙，那么就要将除始祖以外，最远的那位祖先的神主牌位迁出太庙，移入祧庙，这就是所谓的太庙迁祧制度。由于德祖朱百六为大明始祖，所以他和大明王朝的实际建立者太祖朱元璋是永世不会被移出太庙的。
于是在宪宗朱见深驾崩以后神主排位奉入太庙时，就将懿祖朱四九移到了祧庙，孝宗朱祐樘的神主排位入庙，熙祖朱初一就移去了祧庙，武宗朱厚照太庙，仁祖朱世珍就被移走了。而接下来，如果再有新的神主牌位入庙，需要被移走的就是太宗朱棣了。
朱厚熜面临的就是这么一个状况，他要想把父亲朱祐杬的睿宗牌位奉入太庙，就得把太宗朱棣的牌位移去祧庙。然而，朱厚熜却不想也不敢这么做，因为朱棣通过奉天靖难，硬生生的从朱标一脉手中抢来了皇位，所以对于朱棣以后的大明皇帝和新册封的藩王们来说，朱棣才是他们实际上的始祖。
而且，朱厚熜和朱棣一样，都是由小宗入继大宗，在情感上有着共鸣，那么怎样才能不将朱棣移出太庙呢？经过一番深思熟虑，朱厚熜决定给朱棣的庙号升格，将太宗改为了成祖，太宗和成祖这两个庙号的最大区别在于：太宗是继承太祖皇位的第二代皇帝，成祖等于是承认了朱棣发动靖难之役属于再造河山，这样一来，朱棣和朱元璋就成为了明朝二祖，朱棣的地位也就和朱元璋平起平坐，成为了大明朝万世不祧的三位始祖之一了。
接下来，朱厚熜就将仁宗朱高炽的牌位搬出了太庙，为他的父亲朱祐杬空出了位置。朱厚熜更改朱棣庙号，抬高朱棣在太庙中的地位，有两个很重要的作用，一是可以让朱厚熜赢得以朱棣后代为主的明朝宗室的更多支持，二是顺便解决了在祭天时，让自己的生父朱祐杬获得配祭资格这个的问题。
明朝皇帝的祭天大典也是参照周礼，分为郊祭和堂祭，顾名思义就是在郊外举行的祭祀大典和在明堂举行的祭祀大典，其中，郊祭比堂祭的规格要高一些。但无论是郊祭还是堂祭，都需要供奉祖先的牌位来一起配祭。
享受郊祭配祭待遇的自然是明太祖朱元璋，这个位置朱厚熜是无论如何也不可能为自己老爹争取来的，所以他就只能在堂祭上打主意，然而配祭堂祭的最合适人选无疑是朱棣，因为在所有先祖里面，除了朱元璋以外，只有朱棣的功德最大，最有资格配祭明堂。
不过，在朱厚熜将朱棣的庙号改为成祖以后，朱棣就有了和朱元璋平起平坐的地位，这样一来，朱厚熜就可以让朱元璋和朱棣一起配祭郊祭，而堂祭配祭的位置就可以给他的父亲朱祐杬留出来了。
综合来说，朱厚熜为了最大限度的提升自己生父朱祐杬的地位，让他既能够袝享太庙又能够配祭明堂，所以就将朱棣用了一百多年的庙号太宗改为了成祖。只不过，在朱厚熜驾崩以后，他的儿子朱载坖认为将朱祐杬袝享太庙属实太过荒唐，于是朱载坖在他继位的第一年，就把睿宗朱祐杬的神主牌位移出了太庙，奉到了世庙祭祀。
朱厚熜的一番精心算计，最终还是被他的亲儿子一手给破坏了，只不过，朱棣的庙号没有被重新改回太宗，依旧是我们今天熟悉的明成祖。